MTs Alkhairaat Pusat Palu berdiri pada Tahun 1975 oleh KH. Habib Idrus Bin Salim Aldjufri (Guru yang disebut dengan Guru Tua. Mula-mula didirikan dengan nama Mu’alimin 4 tahun kemudian pada tahun 1975 terbagi menjadi dua yaitu Madrasah Aliyah Alkhairaat Palu dan Madrasah  Tsanawiyah Alkhairaat  Palu masih dalam satu atap. Dalam perkembangannya MA Alkhairaat Pusat Palu dan MTs Alkhairaat Pusat Palu terpisah sejak tahun 1982.MTs Alkhairaat dipimpin oleh

  1. KH.Bahrain Tayyib Sejak tahun 1975 – 1978,
  2. Drs. H. Ali Abd. Rauf Sulaiman dari tahun  1978 – 1981,
  3. H. Suaib Bandera, BA dari tahun 1981 – 1988, 
  4. Drs. Ali Karim tahun 1988 – 1990,
  5. Drs. Muchlis Saddan tahun 1990 – 1992,
  6. KH  Husen Kambayan dari tahun   1992 – 1995
  7. H. Ahmad Aldjufri, BA dari tahun  1995 – 2003
  8. Dra. Hj. Saihun Aldjufrie dari tahun  2003 sampai sekarang.

 Dengan demikian, sangat dibutuhkan andil dari  komponen madrasah dan masyarakat sekitarnya sebagai wujud dari pengembangan madrasah. Karena apabila masyarakat menjadi komponen madrasah berarti kita harus menjadikannya sebagai investasi penunjang dalam rangka mewujudkan madrasah yang maju.Berkaitan dengan hal tersebut maka posisi MTs. Alkhairaat Pusat Palu sangatlah tepat karena berada dalam kompleks Perguruan Islam Alkhairaat yakni sebelah utara berbatasan langsung dengan lapangan alun-alun Alkhairaat dan di sebelah Timur berbatasan dengan Panti Asuhan Alkhairaat. Dan untuk sebelah barat berbatasan dengan SMA Alkhairaat serta sebelah selatan berbatasan langsung dengan Pondok Pesantren Puteri Alkhairaat dan TK Alkhairaat.

Melihat posisi ini, maka MTs Alkhairaat berada pada situasi yang sangat menguntungkan atau berada pada jalur strategis.Sehingga tidaklah mengherankan kalau madrasah yang pernah dipimpin oleh 8 orang kepala madrasah ini telah banyak menorehkan prestasi-prestasi.

Bahkan sejak madarsah ini dipimpin oleh Dra.Hj. Saihun Aldjufrie sebagai kepala Madrasah yang ke delapan telah mengantarkan madrasah ini menjadi sebuah madrasah yang mampu bersaing baik tingkat daerah, provinsi maupun nasional